澎湖海域遼闊，又有湍急的黑水溝，加上開發歷史早于臺灣本島，因此處處古跡林立，不僅七美島上有新石器時代工廠、潘氏澎湖鱷的出土等；海域中更有虎井沉淵、古沉船寶藏、古生物化石等，再次帶動澎湖神秘的考古熱。

　　除了沉船長眠澎湖海域外，由于澎湖位于國際A1航道，還有二次世界大戰戰場因素，也有不少飛機殘骸，因此有人稱澎湖為「百慕達三角洲」，更有學者提出以經緯度而言，澎湖群島與百慕達三角洲穿過地心相互對應的說法，更增添澎湖海域神秘色彩。

　　中研院鄭明修博士等人在澎湖北海大磽嶼海底，發現海底柱狀玄武巖，宛如微笑城墻，與虎井海底沉城傳說相互呼應，而新近中華ufo科學學會理事長江晃堯博士，更提出消失的亞特蘭提斯大陸文明，兩處入口一在基隆八斗子、一在澎湖的驚人說法。

　　澎湖的考古熱正夯，這熱潮來自各派的傳說篇、遺址篇和化石篇！

　　虎井沉淵先進儀器解謎

　　澎湖舊八景之一的虎井沉淵，傳說為古代城墻沒入水中，但各派說法不一。鄭明修博士公布發現的海底玄武巖柱墻，長度達200公尺、高約10公尺、每根石柱直徑約1公尺的柱狀玄武巖，范圍相當廣大，同時海底石柱形狀串聯在一起，宛如微笑城墻，也讓外界再度驚艷于大自然的鬼斧神工，而微笑城墻的發現，與傳說已久的虎井沉城有異曲同工之妙，都為澎湖地質史上的奇觀，除了值得保存，更增添觀光本錢。

　　傳說百年的虎井沉淵之謎，中華ufo科學學會理事長江晃堯博士、日本國立神戶大學地域空間創生博士邱明民等人所領導的研究團隊，也曾以最先進的音鼓、逐地雷達、海底地貌等探測儀器，協助澎湖解開古老神秘傳說之謎。

　　石器文物列入遺址保護

　　澎湖群島開發歷史早于臺灣本島，專家學者考證的七美石器工廠，更印證七美島早在新石器時代就有人居住，為重要的人文歷史遺跡，但消息曝光后，卻屢傳遭人破壞，導致珍貴古文物流失，澎湖縣文化局已列入遺址，加強保護。

　　越窯古物世界重要發現

　　畢生都貢獻于澎湖古陶瓷研究的成大歷史系教授陳信雄，其最令人津津樂道的是，曾為考古長住澎湖四年，而其研究成果更是驚人，在澎湖地區發現五代十國的越窯3000余件古文物，成為中國以外世界最豐富的考古發現，排名第二的埃及，也僅有60余件，被日籍學者龜井明德、三上次男等人，譽為近年來考古學界重要發現，在考古學界享有盛名。

　　位處臺灣海峽海運樞紐的澎湖群島，縱深百余公尺的黑水溝，以險惡聞名，并有臺灣百慕達三角洲之稱，不僅來往的機船聞之喪膽，同時海溝中也沉睡許多消失的古脊椎動物化石，為生物界之謎，也印證澎湖遠古時期與中國大陸相連。

　　鱷魚化石尋找失落環節

　　近年來轟動國際生物學界的潘氏澎湖鱷出土，由發現人潘明國在西嶼海邊意外「喚起」，受到中國、加拿大、日本等古生物學家矚目，根據研究確定為全新屬種，不同于中國廣東茂名「石油馬來鱷」、日本發掘的馬來鱷化石及現存唯一的「史氏馬來鱷」標本，不僅為生物學界的大發現，同時有助于解開史前巨鱷「失落環節」之謎。