這件事讓馬皇后知道了。馬皇后勸明太祖說：“老百姓家為孩子請個老師，尚且恭恭敬敬，好來好去，何況是皇帝家的老師呢。再說，宋先生一向住在鄉下，他孫子的事他怎么會知道？”

　　明太祖正在火頭上，不肯饒恕宋濂。當天，馬皇后陪明太祖吃飯。她呆呆地坐在桌邊，不沾酒，也不吃肉。明太祖感到奇怪，問她是不是身子不舒服。馬皇后難過地說：“宋先生犯了死罪，我心里十分難受，在為宋先生祈福呢。”

　　馬皇后是跟太祖年青時候共過患難的夫妻，明太祖平時對她比較尊重，聽她這一說，也有點感動，才下令赦免宋濂死罪，改罰充軍茂州（今四川茂縣）七十多歲的宋濂，禁不起這場驚怕，再加上路上勞累，沒到茂州就死了。

　　過了十年，又有人告發李善長和胡維庸往來密切，明知胡維庸謀反不檢舉揭發，采取觀望態度，犯了大逆不道的罪。李善長是第一號開國功臣，又是明太祖的親家。明太祖大封功臣的時候，曾經賜給李善長兩道免死鐵券。這一年，李善長已經七十七歲了，可是明太祖一翻臉，把李善長和他的全家七十幾口全部處死。

　　接著，又一次追查胡黨，處死了一萬五千多人。

　　自從胡維庸案件發生以后，明太祖覺得把軍政大權交給大臣不放心，就取消了丞相職位，由皇帝直接管轄吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部六個部的尚書（官名，部的長官）；又把掌握軍權的大都督府廢了，改設左、右、中、前、后五個都督府，分別訓練兵士，需要打仗的時候，由皇帝直接發布命令。這樣一來，明朝皇帝的權力就大大集中了。

　　事情并沒到這里結束。過了三年，錦衣衛又告發大將藍玉謀反。明太祖殺了藍玉，追查同謀，又有文武官員一萬五千多人受株連被殺。

　　這兩件大案，幾乎把朝廷一些功臣一掃而空，明太祖的專制和殘暴在歷史上也就出了名。